San Marco in trono con i santi Carlo Borromeo e Ludovico di Tolosa

A lungo questa grande tela fu nota solo da antiche descrizioni, e tutti la credevano perduta. Riemerse, e venne pulita e restaurata soltanto all'inizio degli anni 2000. Dentro custodisce un indizio per datarla. Uno dei due santi in piedi è Carlo Borromeo, l'arcivescovo riformatore di Milano, e porta l'aureola dei santi. Borromeo non fu proclamato tale che nel 1610, sicché Palma non può averla dipinta prima di quell'anno. In trono sopra i due sta san Marco, l'evangelista il cui corpo Venezia rivendicò come proprio e fece suo patrono, posto in alto come i pittori veneziani amavano collocarlo, quasi figura dello Stato. Accanto a Borromeo sta Ludovico di Tolosa, un principe che rinunciò al diritto a una corona per farsi vescovo francescano.